sudo apt-get remove ffmpeg x264 libx264-dev

Instalamos por si las dudas algunos paquetes para satisfacer las dependencias

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential  libfaac-dev libfaad-dev libmp3lame-dev libopencore-amrnb-dev libopencore-amrwb-dev libsdl1.2-dev libtheora-dev libvorbis-dev libx11-dev libxfixes-dev libxvidcore-dev zlib1g-dev

El último paso es instalar los paquetes descargados

sudo dpkg -i x264_lucid_i386.deb
sudo dpkg -i ffmpeg_lucid_i386.deb

Para descargar los paquetes:

ffmpeg_lucid_i386.deb
x264_lucid_i386.deb

Saludos espero les ayude.

Para realizar la conversión como no usaremos ffmpeg:

ffmpeg -i input.mpeg -acodec libfaac -ab 64kb -ac 2 -vcodec libx264
-flags +loop -cmp +chroma -deblockalpha 0 -deblockbeta 0 -b 500k
-maxrate 800k -bufsize 4M -bt 256k -refs 1 -bf 3 -coder 1 -me_method
umh -me_range 16 -subq 7 -partitions
+parti4x4+parti8x8+partp8x8+partb8x8 -g 250 -keyint_min 25 -level 30
-qmin 10 -qmax 51 -qcomp 0.6 -trellis 2 -sc_threshold 40 -i_qfactor
0.71 -threads 2 -f mp4 output.mp4

Aquí nos explica algunos parámetros que el uso:
-ab 64kb |- es el bitrate del audio, así esta bueno por lo menos para mi.
-vcodec libx264 |- usa H264 para codificar el video.
-b 500k |- bitrate del video (ajustar eso a tu gusto, entre mayor sea mejor calidad mas espacio en HD)
-maxrate 800k |- hasta cuanto se puede subir el bitrate (recuerden es VBR)
-threads 2 |- poner esto si tienes mas de un procesador en el ordenador sino quitarlo.

Yo lo he probado con un video y lo reduce considerablemente el tamaño y sin perder calidad.

sudo dpkg -i *.deb

Descargar los debs:

FFMPEG – ffmpeg_karmic_i386.deb
LIBTHEORA – libtheora_1.1.1-1_i386.deb
X264 – x264_karmic_i386.deb

Empezamos, antes de nada debemos desinstalar ffmpeg, x264 y libx264-dev

sudo apt-get purge ffmpeg x264 libx264-dev

Luego instalar unos paquetes que necesitaremos para compilar ffmpeg y x264 (no olvidar tener activado el repositorio universe y multiverse).

sudo apt-get update && sudo apt-get install build-essential subversion git-core checkinstall yasm texi2html libfaac-dev libfaad-dev libmp3lame-dev libsdl1.2-dev libtheora-dev libx11-dev libxvidcore4-dev zlib1g-dev

Ahora vamos a descargar las fuentes de x264, procedemos a compilar y crear el deb.

cd
git clone git://git.videolan.org/x264.git
cd x264
./configure
make
sudo checkinstall --fstrans=no --install=yes --pkgname=x264 --pkgversion "1:0.svn`date +%Y%m%d`-0.0ubuntu1" --default

Con esto ya tenemos compilado y creado nuestro deb (automáticamente se instalará x264).

Continuamos ahora con FFMPEG, descargamos fuentes, compilamos y creamos el deb

cd
svn checkout svn://svn.ffmpeg.org/ffmpeg/trunk ffmpeg
cd ffmpeg
./configure --prefix=/usr --enable-gpl --enable-nonfree --enable-pthreads --enable-libfaac --enable-libfaad --enable-libmp3lame --enable-libtheora --enable-libx264 --enable-libxvid --enable-x11grab
make
sudo checkinstall --fstrans=no --install=yes --pkgname=ffmpeg --pkgversion "3:0.svn`date +%Y%m%d`-12ubuntu3" --default

Con esto ya tenemos instalado y configurado FFMPEG y su deb correspondiente (automáticamente se instalará ffmpeg).

Por último, si queremos actualizar a una nueva versión de FFMPEG y x264 realizamos estos pasos:

sudo apt-get purge ffmpeg x264
cd ~/x264
make distclean
git pull
./configure
make
sudo checkinstall --fstrans=no --install=yes --pkgname=x264 --pkgversion "1:0.svn`date +%Y%m%d`-0.0ubuntu1" --default
cd ~/ffmpeg
make distclean
svn update
./configure --prefix=/usr --enable-gpl --enable-nonfree --enable-pthreads --enable-libfaac --enable-libfaad --enable-libmp3lame --enable-libtheora --enable-libx264 --enable-libxvid --enable-x11grab
make
sudo checkinstall --fstrans=no --install=yes --pkgname=ffmpeg --pkgversion "3:0.svn`date +%Y%m%d`-12ubuntu3" --default

Esto sería todo.

Si queremos cambiar el tamaño:
[bash]
ffmpeg -i entrada.ogv -s 640×480 salida.flv
[/bash]

Para especificar un codec de audio:
[bash]
ffmpeg -i entrada.ogv -acodec libmp3lame salida.flv
[/bash]

sudo apt-get purge ffmpeg x264 libx264-dev

Posteriormente instalamos estos paquetes para resolver dependencias:

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential libfaac-dev libfaad-dev libmp3lame-dev libtheora-dev libxvidcore4-dev

Y luego para terminar instalamos los debs del x264 y el FFmpeg.
Fijaros en el nombre de los debs al descargar por ejemplo el  x264_jaunty_i386.deb cambia por x264_jaunty_i3861.deb en algunos servidores de donde lo descargáis  [Gracias Novatilla]

sudo dpkg -i x264_jaunty_i386.deb
sudo dpkg -i ffmpeg_jaunty_i386.deb

Descarga FFmpeg para Jaunty

Descarga X264 para Jaunty

Para poder instalar este paquete antes hay que desinstalar los paquetes anteriores en caso estén instalados:

sudo apt-get purge ffmpeg x264 libx264-dev

Luego instalamos estos paquetes:

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential libfaad-dev libfaac-dev libmp3lame-dev libtheora-dev

Y finalmente los paquetes del FFmpeg y x264:

sudo dpkg -i x264_1:0.svn20081208-0.0ubuntu1-1_i386.deb
sudo dpkg -i ffmpeg_3:0.svn20081208-12ubuntu3-1_i386.deb

Esto sería todo.

Descarga FFmpeg para intrepid

Descarga X264 para intrepid