Para realizar la conversión como no usaremos ffmpeg:

ffmpeg -i input.mpeg -acodec libfaac -ab 64kb -ac 2 -vcodec libx264
-flags +loop -cmp +chroma -deblockalpha 0 -deblockbeta 0 -b 500k
-maxrate 800k -bufsize 4M -bt 256k -refs 1 -bf 3 -coder 1 -me_method
umh -me_range 16 -subq 7 -partitions
+parti4x4+parti8x8+partp8x8+partb8x8 -g 250 -keyint_min 25 -level 30
-qmin 10 -qmax 51 -qcomp 0.6 -trellis 2 -sc_threshold 40 -i_qfactor
0.71 -threads 2 -f mp4 output.mp4

Aquí nos explica algunos parámetros que el uso:
-ab 64kb |- es el bitrate del audio, así esta bueno por lo menos para mi.
-vcodec libx264 |- usa H264 para codificar el video.
-b 500k |- bitrate del video (ajustar eso a tu gusto, entre mayor sea mejor calidad mas espacio en HD)
-maxrate 800k |- hasta cuanto se puede subir el bitrate (recuerden es VBR)
-threads 2 |- poner esto si tienes mas de un procesador en el ordenador sino quitarlo.

Yo lo he probado con un video y lo reduce considerablemente el tamaño y sin perder calidad.